Sua infraestrutura conta com um cais de aproximadamente 1.000 metros composto por 4 berços. O porto inclui terminais especializados para propano, carvão, combustíveis, navios de cruzeiro, contêineres (APM), grãos e açúcar. Porto San Jose inclui três (3) terminais de combustível e melaço MBM.

O rebocador SAAM Itza iniciou suas operações em Porto Quetzal em 2019. Embora pequeno em tamanho (23m de comprimento), tem um bollard pull de +60 toneladas. Construído pela Med Marine de Eregli, Turquía. O significado de ITZA na língua Kaqchikel é “Deusa da Água” ou Feiticeira da Água”