Su infraestructura cuenta con un muelle de aproximadamente 1.000 metros de longitud y cuatro sitios de atraque, además de terminales especializadas para la operación de propano, carbón, combustibles, cruceros, contenedores (APM), granos y azúcar.

Por su parte, Puerto San José cuenta con tres terminales MBM destinadas a la operación de combustibles y melaza.

El remolcador SAAM Itza inició sus operaciones en Puerto Quetzal en 2019. Con 23 metros de eslora y más de 60 toneladas de bollard pull, fue construido por Med Marine en Ereğli, Turquía.

Su nombre, Itza, significa “Diosa del Agua” o “Hechicera del Agua” en idioma kaqchikel.