Su infraestructura cuenta con un muelle de aproximadamente 1,000 metros, conformado por 4 atracaderos. El puerto incluye terminales especializadas de propano, carbón, combustibles, cruceros, contenedores (APM), granos y azúcar. Puerto San José incluye tres (3) terminales MBM de combustibles y melaza.

El remolcador SAAM Itza inició operaciones en Puerto Quetzal en 2019. Aunque pequeña en dimensión (23m eslora), cuenta con un bollard pull de +60 toneladas. Construido por Med Marine de Eregli, Turquía. El significado de ITZA en el idioma Kaqchikel es «Diosa del Agua» o Hechicera del Agua».